Krypta pod karlovarským kostelem sv. Máří Magdalény ukrývá oltář Božího hrobu

Krypta pod kostelem v té době sloužila jako márnice. Návštěvníci lázní a především karlovarští občané, kteří bydleli u kostela, si ale stále častěji stěžovali, že jim pod okny jezdí vozy s mrtvými těly. Proto tehdejší vedení města přesunulo márnici do odlehlejšího kostela sv. Ondřeje v Ondřejské ulici. Tím krypta zanikla a stalo se z ní skladiště.

Do krypty vedou dva vstupy. Ten první, méně využívaný, je v podlaze kostela. Po odsunutí kamene je možné sestoupit přímo do podzemních prostor. Druhý vstup je z boční strany od fary. Místnosti jsou na kryptu nezvykle prostorné a díky důmyslnému větracímu systému je v nich stálá teplota i vlhkost.

V prvním prostoru krypty byla zřízena kaple. Dominuje jí oltář Božího hrobu. Jeho autor i doba vzniku jsou pro historiky velkou neznámou. Co však lze s jistotou určit, je materiál, ze kterého je oltář vyrobený. Spodní část tvoří hrachovec a vrchní část vřídlovec. Oba tyto kameny vznikají díky minerálním látkám, které obsahuje vřídelní voda. Vřídlovec je vrstevnatě usazený, zatímco hrachovec tvoří různě veliká zrníčka písku, která cirkulují ve vodě a po jejím odpaření vypadají jako malé hrášky.

Stěny zdobí předměty, které byly nalezeny během přestavby kostela, například torzo železného zábradlí nebo stolní držák na svíce. V meziprostorech zdí je možné vidět drť z ostatků, která sloužila k vyplnění prázdných míst.

Součástí krypty jsou i tři kaple, a to Getsemanská zahrada, Kalvárie a Kostnice. V poslední jmenované jsou vystaveny ostatky, které sem byly přeneseny ze zrušeného hřbitova. Za zmínku stojí i místnost, která slouží jako expozice různých podob vřídelního kamene. Zvlášť zajímavé jsou ukázky geologických vrtů z okolí kostela.